Nowelizacja określa zasady zwracania pomocy publicznej przez firmy, którym cofnięto zezwolenie na prowadzenie działalności w specjalnej strefie ekonomicznej. Samo pojęcie „pomocy publicznej” zostało doprecyzowane i w myśl nowelizacji oznacza zwolnienie od podatku dochodowego.

Przedsiębiorcy, którym cofnięto zezwolenie, będą mieli obowiązek zwrotu uzyskanych zwolnień podatkowych. Obowiązek ten ma się przedawniać po upływie 10 lat od końca roku, w którym firma skorzystała ze zwolnienia. Tyle samo czasu przedsiębiorcy będą mieli obowiązek przechowywania dokumentacji w tych sprawach. Przedsiębiorcy do czasu zwrotu pomocy nie będą mogli uzyskać nowego zezwolenia. Ustawa wprowadza też możliwość cofnięcia zezwolenia na prowadzenie działalności w strefie na wniosek przedsiębiorcy. Jednocześnie ustawa ogranicza możliwość wystąpienia o wygaszenia zezwolenia wyłącznie do sytuacji, gdy przedsiębiorca przed dniem złożenia wniosku nie korzystał ze zwolnienia podatkowego. Ponadto ustawa przewiduje, że wniosek do ministra gospodarki o zwolnienie z podatku ma być składany w ramach przetargu lub rokowań. Możliwe będzie wcześniejsze złożenie wniosku do ministra gospodarki przez dużego przedsiębiorcę, gdy planuje on nową inwestycję na gruncie nieobjętym strefą. Ponadto ustawa przewiduje, że do rad nadzorczych spółek zarządzających strefami w miejsce przedstawiciela wojewody wejdzie przedstawiciel ministra finansów. Ponadto ustawa nakłada na spółki zarządzające sse obowiązek współpracy ze szkołami ponadgimnazjalnymi i wyższymi. Jej celem ma być dostosowanie oferty edukacyjnej i programów nauczania do potrzeb pracodawców. Ponadto ustawa ujednolica zasady zmiany zezwoleń na działalność w strefie, niezależnie od daty ich wydania. Ustawa trafi teraz do Senatu.

Nowelizacja