Polityk został oskarżony o korupcję, był to pierwszy poseł III RP, który trafił do aresztu.

Prokuratura postawiła Pęczakowi zarzuty przyjmowania korzyści majątkowych w czasie kiedy był posłem i szefem sejmowej komisji kontroli państwowej. Od lutego do sierpnia 2004 r., żądał i przyjmował łapówki od znanego lobbysty Marka Dochnala oraz  jego współpracownika. Według śledczych Pęczak miał zażądać korzyści majątkowych i osobistych na łączną kwotę ponad 900 tys. zł, natomiast uzyskał ponad 820 tys. zł. Według ustaleń polityk otrzymał m.in. 60 tys. dolarów, 10 tys. funtów i 80 tys. zł, luksusowego mercedesa do użytkowania oraz 10 tys. zł na opłaty za benzynę  i parkingi. Pieniądze były przekazywane w zamian za informacje dotyczące prywatyzacji niektórych polskich przedsiębiorstw. Pierwotnie wszyscy trzej oskarżeni mieli odpowiadać przed sądem w ramach jednego procesu, jednak w związku z niestawianiem się Pęczaka na rozprawy z powodu kłopotów ze zdrowiem, postanowiono wyłączyć jego sprawę do odrębnego postępowania. Dochnal został skazany w  czerwcu 2012 roku na 3 lata i 6 miesięcy pozbawienia wolności oraz 450 tys. zł grzywny, zaś jego współpracownik na 2 lata i 10 miesięcy więzienia i grzywnę w wysokości 52,5 tys. zł. Sąd uznał wówczas, że Dochnal wręczył Pęczakowi ponad 545 tys. zł łapówek, natomiast jego współpracownik ponad 245 tys. zł. Po apelacji oskarżonych we wrześniu 2013 roku łódzki sąd okręgowy utrzymał wyrok w mocy.

SLD